Второе послание Иоанна Богослова, подобному третьему его посланию, а также посланию Ап. Иуды, в древней Церкви до IV века принадлежало к так называемым «пререкаемым» (αντιλεγόμενα) писаниям, как свидетельствуют о том Ориген (у Евсевия, Ц. Ист VI: 25), блаж. Иероним («О знаменитых муж.» гл. XIX) и Евсевий (Ц. И. III: 25). При этом из творений Евсевия и блаж. Иеронима известно, что второе и третье послание иногда некоторыми приписывалось некоему пресвитеру Ефесскому Иоанну, упоминаемому Папием (у Евсевия, Ц. И. III: 39): гробницу у этого Иоанна-пресвитера показывали также в Ефесе, где была и гробница св. Ап. Иоанна Богослова (там же, и у блаж. Иеронима «О знаменит. муж.», гл. IX). На этом основании и многие новые исследователи усвояют 2-е и 3-е послания Иоанна этому пресвитеру Иоанну, иногда же Ап. Марку, называемому Иоанном в книге Деяний апостольских (XII: 12, 25; XV: 37). Поводом к сомнениям в апостольском происхождении послания служили частью краткость послания и малоизвестность его, обусловленная назначением его к частному лицу - «избранной госпоже и детям ее» ( ст. I ), частью отсутствие имени Апостола в надписании послания (Апостол называет себя только пресвитером). Но неупоминание послания в первые три века и ненахождение его, напр., в Сирском переводе Пешито II века еще не говорят о сомнении древней Церкви в апостольском написании и авторитете послания. Наряду с колебаниями отдельных церковных писателей стоят авторитетные свидетельства других представителей Церкви в пользу принадлежности послания Апостолу и евангелисту Иоанну.
Канон Муратория упоминает о нескольких посланиях Ап. Иоанна. Св. Ириней Лионский, бывший учеником св. Поликарпа Смирнского, ученика самого Ап. Иоанна, приводит слова 2 Ин ст. 7, 8 , 10–11 (о лжеучителях и воспрещении общения с ними), как подлинные слова ученика Господа (Adv. haer. III: 16, 8). Климент Александрийский написал и на это послание, как на истинно апостольское произведение, свое толкование. Дионисий Александрийский (у Евсевия, Ц. И. VII: 25) и Ориген (у Евсев. Ц. И. VI: 25) признают 2 Иоанна писанием св. Апостола Иоанна.
К тому склоняются и сами Евсевий (Demonstr. Evang. III: 5. Ц. Ист. II: 23) и блаж. Иероним (epist. ad. Euagr. 80). И хотя сирский перевод Пешито не имеет этого послания однако св. Ефрем Сирин цитирует его, как подлинное. Самый дух и характера послания и заметное, несмотря на его краткость, сходство содержания и языка с первым посланием тоже должны убеждать читателя послания в принадлежности его великому Апостолу любви. Включение же его в конце IV века Церковью в канон священных книг (на соборах: Лаодикийском 364 г. прав. 60 и Карфагенском 397 г. прав. 47) устраняет всякие сомнения в написания послания св. Апостолом и евангелистом Иоанном Богословом.
Кто была εκλεκτή κυρία, избранная госпожа, в которой с ее детьми первоначально было направлено 2-е послание Иоанна, достоверных сведений о том не имеется. Если одни (напр., св. Афанасий Великий) считали имя Кириа собственным именем какой-л. малоазийской диакониссы, другие - греческим именем Марфы, сестры Лазаря (сербское Марта по значению равно греч. Κυρία), иные же (вслед за Климентом Александрийским) считали таким собственным именем εκλεκτή и считали эту христианку вавилонянкою, тожественною будто бы с упомянутою в 1 Пет V: 13 , то все это - чистые предположения. Необходимо поэтому видеть в Кириа нарицательное имя христианки, обращенной ко Христу св. Апостолом Иоанном и наставляемой им через это послание. Не представляется возможным принять мнение Климента Апекс. и блаж. Иеронима, разумеющих под «избранной Госпожой» Церковь - как у Ап. Петра (1 Пет V: 13). Такой аллегоризм в адресе послания едва ли допустим. Соборный характер послания не уничтожается частным назначением его: сходство содержания и языка второго послания с первым посланием обозначает характер соборности и за вторым посланием, каковой характер и признан за ним всею Церковью. По времени написания второе послание должно быть отнесено, как и первое послание, к старческому периоду жизни св. Иоанна Богослова. Место написания - город Ефес.